鸡球虫病是一种由原生生物艾美耳属引起的肠道寄生性疾病，是一种危害养禽业的主要寄生虫病，一方面给养鸡业造成很大的经济损失,另一方面,由于抗球虫药的滥用形成残留继而影响人类的食物来源和健康,生物预防鸡球虫病将显得尤为重要 ,球虫疫苗的使用则可解决这方面的问题。目前鸡球虫疫苗逐渐被人们所认识 ,许多集约化鸡场尤其是肉鸡场都使用鸡球虫疫苗。不同的球虫虫种的免疫原性不同，巨型、堆型艾美耳球虫的免疫原性最好。鸡球虫的各虫种之间不存在交叉保护。同一虫种的不同发育阶段的免疫原性也不同，第二代裂殖体、裂殖子的免疫原性最强。
1、球虫活苗  可1日龄单独点眼免疫，也可与马立克疫苗同时免疫.。也有为保证疫苗均匀性采用喷雾免疫。其优点是防疫效果好，其缺点是卵囊通过鸡体获得，活苗成本高，剂量难以把控，易“返强”。分强毒活疫苗、弱毒活疫苗（通过鸡体传代或鸡胚传代致弱）、耐离子载体活疫苗
2、亚单位疫苗  利用配子体抗原进行母源免疫，免疫可使球虫卵囊产量下降50%~80%。
3、重组疫苗  1将Et-SO7 基因插入乳酸杆菌表达载体 pW425t 中进行表达的重组疫苗免疫鸡后效果明显优于单用乳酸菌鸡只，鸡只增重明显，粪便卵囊数较低，但对肠道病变影响不大，抗球虫指数为163.4。2将柔嫩艾美耳球虫广东株子孢子折光体抗原 Etp28 基因在修饰的苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒(AcMNPV)载体系统，免疫保护试验结果初步表明重组抗原能够提供一定的抗球虫作用。
4、基于母源抗体的免疫  在球虫感染期间特异性循环抗体和sIgA的出现以及高免鸡血清中分离的丙种球蛋白可与相应球虫子孢子、裂殖子、配子体发生特异免疫荧光反应,而且特异性抗体可直接或间接阻止球虫的入侵及发育，即抗体的被动转移可控制球虫病。
5、可食用疫苗  某种经遗传改造的植物细胞内表达球虫保护性抗原，即可以从植物细胞中提取纯化出重组蛋白免疫动物，也可以直接把转基因植物饲喂动物而获得免疫。目前研究表达EtMIC2和EtMIC2的烟草叶子联合饲喂鸡可导致较高的抗体水平和较好的体重增加。
目前尽管球虫基因工程疫苗研制取得了巨大进步，但由于鸡球虫种类较多，基因组较大，保护性抗原的种类繁多，生活史复杂、发育阶段多，而且不同的发育阶段的基因表达情况也不一致等因素，在保护率上仍无法取代传统的活苗。因此，未来需要进一步研究球虫虫体与宿主之间的相互作用，我们有理由相信球虫基因工程疫苗最终能在鸡球虫病的免疫防治中发挥重要作用。